蒼蠅除的讓人感到厭煩外更重要的是牠伴隨而來的疾病如:

普通家蠅能傳播痢疾、傷寒、霍亂、小兒麻痺症、雅司病、寄生蟲卵、及原生動物的包囊，二條家蠅能傳播眼疾，赤蠅能傳播伊氏錐蟲蘇拉病之病原體，亦為馬腸胃寄生原蟲之中間宿主，多種的金蠅能傳播腸胃病。